指示菌"一詞可用于任一群在分類學(xué).生理學(xué)或生態(tài)學(xué)上相似的微生物.它們的存在與否可指示樣品在過去或現(xiàn)在所具有的而不能直接證明的某些特征。指示菌通常是腸道菌，但某些情況下其他菌群也可作為指示菌，例如，如果食品已經(jīng)過熱處理，但依然存在革蘭氏陰性菌，說明熱處理不夠*(相對于這些細(xì)菌的起始數(shù))或熱處理后又被污染、大腸菌群只是革蘭氏陰性菌的一類，對熱處理沒有太靈敏的指示作用，但現(xiàn)在仍使用大腸菌群計(jì)數(shù)檢測食品的熱處理后的效果，“指標(biāo)菌"一詞是1977年由Ingram出，作為指示生態(tài)恃征相似的一類致病菌的可能存在的標(biāo)志，同時(shí)保留了上段所定義的指示菌含義。

指示菌用于品質(zhì)鑒定的歷史可追溯到飲料添加劑中的微生物檢測，當(dāng)時(shí)用大腸桿菌等腸道共生菌的檢測來指示是否有腸道致病菌存在。即大腸桿菌被用作指示菌（或我們所定義的指標(biāo)菌），指示菌需滿足以下條件：

（1）凡有致病菌存在的地方就要有它的存在;
（2）數(shù)值要比致病菌多得多；

（3）對環(huán)境或其他處罝過程的抵抗力比致病菌強(qiáng)。

多年來，指示菌的使用都能滿足這些條件;例如沙門氏菌被用作菌體受氯化作用影響的指示菌，但有證據(jù)表明滅活某些病原性病毒要比殺滅指示菌慢得多，隱形蟲屬的孢囊對氯消毒法也有非常強(qiáng)的抵抗力。

如果我們將大腸桿菌作為食品中腸進(jìn)致病菌的指示菌,在對許多食源性疾病的檢測中，按照上述條件,它至少有一條不能滿足要求。雖然缺乏直接的證據(jù)，但用食品中不存在大腸桿菌來作為食品的安全標(biāo)志仍值得懷疑。

食品微生物中理想的栺示菡或指標(biāo)菌的特征如下：

（1）指示菌應(yīng)能夠以一種陽性方式間接指示出要評價(jià)的環(huán)境；

（2）它應(yīng)與被評估的環(huán)境有數(shù)量相關(guān)關(guān)系，而且這種關(guān)系應(yīng)便于其自身的評估；

（3）它應(yīng)通過簡單的特征或反應(yīng)對細(xì)菌的族或種作出明確的判斷；

（4）它在人工培養(yǎng)基中的生長不受任何其他救生物的影響；

（5）除非其分布的特性與所要評價(jià)樣品的分布特性一致，否則它在樣品中應(yīng)隨機(jī)分布。

常用的指示菌和指標(biāo)菌將在下文分別討論。

大多數(shù)指示菌和指標(biāo)菌的計(jì)數(shù)常用選擇性培養(yǎng)基，但在復(fù)蘇階段使用非選擇性培養(yǎng)基能獲得較高的復(fù)蘇