上海中科院新發(fā)現(xiàn)：RNA A-to-I 編輯位點(diǎn)新分析辦法

【資料簡介】

  上海中科院發(fā)展了一項(xiàng)新的計(jì)算分析流程，并應(yīng)用于RNA A-to-I 編輯位點(diǎn)，該技術(shù)無需測(cè)定基因組DNA序列，只需多個(gè)樣本的RNA轉(zhuǎn)錄組信息進(jìn)行比較，即可獲得高準(zhǔn)確度的A-to-I RNA編輯預(yù)測(cè)。

中科院上海生命科學(xué)研究院計(jì)算生物學(xué)所楊力研究組和生化與細(xì)胞所陳玲玲研究組的合作研究發(fā)表了一篇論文，Prediction of constitutive A-to-I editing sites from human tranｓｃｒｉｐｔomes in the absence of genomic sequences。該項(xiàng)研究發(fā)展了一新的計(jì)算分析流程。并應(yīng)用于RNA編輯位點(diǎn)的預(yù)測(cè)，在人體組織中發(fā)現(xiàn)了600多個(gè)成簇（clustered） A-to-I RNA編輯的新位點(diǎn)及其在人組織間的差異調(diào)控;重要的是，該研究還發(fā)現(xiàn)了在非重復(fù)序列中存在的成簇RNA編輯位點(diǎn)及其序列結(jié)構(gòu)特征。該計(jì)算流程及其所帶來的新發(fā)現(xiàn)，進(jìn)一步豐富了人們對(duì)RNA編輯的認(rèn)識(shí)，也開拓了對(duì)RNA編輯功能研究的思路。與以往RNA編輯檢測(cè)方法不同，這一計(jì)算流程不需要測(cè)定同一樣本的基因組DNA序列來排除背景干擾，而只需要多個(gè)樣本的RNA轉(zhuǎn)錄組信息進(jìn)行比較，獲得高準(zhǔn)確度的A-to-I RNA編輯預(yù)測(cè)。值得一提的是，在此項(xiàng)研究工作審稿過程中，一篇Nat Methods （Ramaswami, et al, Nat Methods, 2013, 10: 128-132）文章報(bào)道了另一種只利用轉(zhuǎn)錄組RNA信息來預(yù)測(cè)A-to-I RNA編輯的方法，這提示在今后的研究中可以利用類似的方法對(duì)更多轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，來進(jìn)一步研究RNA編輯在基因表達(dá)調(diào)控上的功能作用。