pcr引物設(shè)計(jì)的目的是為了找到一對(duì)合適的核苷酸片段，使其能有效地?cái)U(kuò)增模板DNA序列。因此，引物的優(yōu)劣直接關(guān)系到PCR的特異性與成功與否。 
要設(shè)計(jì)引物首先要找到DNA序列的保守區(qū)。同時(shí)應(yīng)預(yù)測(cè)將要擴(kuò)增的片段單鏈?zhǔn)欠裥纬啥?jí)結(jié)構(gòu)。如這個(gè)區(qū)域單鏈能形成二級(jí)結(jié)構(gòu)，就要避開(kāi)它。如這一段不能形成二級(jí)結(jié)構(gòu)，那就可以在這一區(qū)域設(shè)計(jì)引物。 
現(xiàn)在可以在這一保守區(qū)域里設(shè)計(jì)一對(duì)引物。一般引物長(zhǎng)度為15~30堿基，擴(kuò)增片段長(zhǎng)度為100~600堿基對(duì)。 
讓我們先看看P1引物。一般引物序列中G+C含量一般為40%~60%。而且四種堿基的分布隨機(jī)。不要有聚嘌呤或聚嘧啶存在。否則P1引物設(shè)計(jì)的就不合理。應(yīng)重新尋找區(qū)域設(shè)計(jì)引物。 

同時(shí)引物之間也不能有互補(bǔ)性，一般一對(duì)引物間不應(yīng)多于4個(gè)連續(xù)堿基的互補(bǔ)。 

引物確定以后，可以對(duì)引物進(jìn)行必要的修飾，例如可以在引物的5′端加酶切位點(diǎn)序列；標(biāo)記、熒光素、地高等，這對(duì)擴(kuò)增的特異性影響不大。但3′端不能進(jìn)行任何修飾，因?yàn)橐锏难由焓菑?′端開(kāi)始的。這里還需提醒的是3′端不要終止于密碼子的第3位，因?yàn)槊艽a子第3位易發(fā)生簡(jiǎn)并，會(huì)影響擴(kuò)增的特異性與效率。 

綜上所述我們可以歸納十條PCR引物的設(shè)計(jì)原則： 

① 引物應(yīng)用核酸系列保守區(qū)內(nèi)設(shè)計(jì)并具有特異性。 
② 產(chǎn)物不能形成二級(jí)結(jié)構(gòu)。 
③ 引物長(zhǎng)度一般在15~30堿基之間。 
④ G+C含量在40%~60%之間。 
⑤ 堿基要隨機(jī)分布。 
⑥ 引物自身不能有連續(xù)4個(gè)堿基的互補(bǔ)。 
⑦ 引物之間不能有連續(xù)4個(gè)堿基的互補(bǔ)。 
⑧ 引物5′端可以修飾。 
⑨ 引物3′端不可修飾。 
⑩ 引物3′端要避開(kāi)密碼子的第3位。 

PCR引物設(shè)計(jì)的目的是找到一對(duì)合適的核苷酸片段，使其能有效地?cái)U(kuò)增模板DNA序列。如前述，引物的優(yōu)劣直接關(guān)系到PCR的特異性與成功與否。對(duì)引物的設(shè)計(jì)不可能有一種包羅萬(wàn)象的規(guī)則確保PCR的成功，但遵循某些原則，則有助于引物的設(shè)計(jì)。 

1.引物的特異性 

引物與非特異擴(kuò)增序列的同源性不要超過(guò)70%或有連續(xù)8個(gè)互補(bǔ)堿基同源。 

2.避開(kāi)產(chǎn)物的二級(jí)結(jié)構(gòu)區(qū) 

某些引物無(wú)效的主要原因是引物重復(fù)區(qū)DNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的影響，選擇擴(kuò)增片段時(shí)避開(kāi)二級(jí)結(jié)構(gòu)區(qū)域。用有關(guān)計(jì)算機(jī)軟件可以預(yù)測(cè)估計(jì)mRNA的穩(wěn)定二級(jí)結(jié)構(gòu)，有助于選擇模板。實(shí)驗(yàn)表明，待擴(kuò)區(qū)域自由能（△G°）小于58.6lkJ/mol時(shí)，擴(kuò)增往往不能成功。若不能避開(kāi)這一區(qū)域時(shí)，用7-deaza-2′-脫氧GTP取代dGTP對(duì)擴(kuò)增的成功是有幫助的。 

3.長(zhǎng)度 

寡核苷酸引物長(zhǎng)度為15~30bp，一般為20~27mer。引物的有效長(zhǎng)度：Ln=2（G+C）+（A+T+，Ln值不能大于38，因?yàn)?gt;38時(shí)，zui適延伸溫度會(huì)超過(guò)Taq DNA聚合酶的zui適溫度（74℃),不能保證產(chǎn)物的特異性