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RNAi在哺乳動物細胞中通常用于阻斷特定基因的表達從而研究基因的功能，常見的做法是將靶向特定基因的大約21堿基長短的雙鏈sirnas(small interfering RNAs)，或者是45—50-mer的發(fā)夾結構RNA（small hairpin RNA, shRNA）轉染到細胞。
（人DU4475細胞 乳上皮細胞）（人EB-3細胞 伯基特淋巴瘤細胞）

shRNA在細胞內會自動被加工成為siRNA，從而引發(fā)基因沉默或者表達抑制?，F(xiàn)在有多個報道說通過質粒表達siRNAs同樣可以抑制特定基因的表達。
（人H1HeLa細胞 宮頸細胞）（人HS 683細胞 腦膠質瘤細胞）

盡管細節(jié)各有不同，但載體大都是用PolIII啟動子啟動編碼shRNA(small hairpin RNA)的序列。選用PolIII啟動子的原因在于這個啟動子總是在離啟動子一個固定距離的位置開始轉錄合成RNA，遇到4—5個連續(xù)的U即終止，非常。
（人J82細胞 膀胱癌細胞）（人Jurkat細胞 白血病細胞）

當這種帶有PolIII 啟動子和shRNA編碼序列的質粒轉染哺乳動物細胞時，這種能表達siRNA的質粒確實能夠下調特定基因的表達，抑制范圍包括外源基因和內源基因。
（人JurkatE6-1細胞 白血病細胞）（人MDA-MB-175Ⅶ細胞 乳導管癌細胞）

采用這種方法的優(yōu)點在于，通過siRNA表達質粒的選擇標記，siRNA載體能夠更長時間地抑制目的基因表達。