現(xiàn)代的實驗室用氣相色譜儀大都是即可做填充柱氣相色譜又可進行毛細管氣相色譜的色譜儀，在儀器設計上考慮了毛細管氣相色譜儀的特殊要求。毛細管氣相色譜儀的進樣系統(tǒng)和填充柱氣相色譜有較大的差別：
1 氣源和流量控制
這一部分的部件和填充柱色譜儀沒有太大的區(qū)別，只是由于毛細管氣相色譜要求的載氣流量比填充柱 小得多，如不用分流進樣，則柱前壓較小，流量指示部件的樹脂也較低，對控制和檢測部件的要求高，所以早期的毛細管色譜多用分流進樣。目前的儀器多采用電子壓力控制系統(tǒng)。
2 進樣系統(tǒng)
毛細管氣相色譜儀的進樣系統(tǒng)和填充柱色譜儀有較大的差別，為了肯發(fā)毛細管氣相色譜在分流進樣中帶來的歧視現(xiàn)象，研究了多種進樣方法和設備，如分流/不分流進樣系統(tǒng)；保留間隙進樣系統(tǒng)；程序升溫進樣系統(tǒng)。
3 色譜柱系統(tǒng)
這一系統(tǒng)包括色譜柱柱箱，柱接頭和色譜柱。柱箱和填充柱色譜儀的沒有什么區(qū)別，柱接頭是連接進樣系統(tǒng)的，要比填充柱色譜復雜一些。
4 檢測系統(tǒng)
毛細管氣相色譜可使用各種檢測器，zui常用zui主要的是FID，也可以和微型TCD、ECD、FPD及TID相匹配。但是要和毛細管氣相色譜儀匹配，檢測器的死體積要盡可能的小。
5 記錄和數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)
毛細管氣相色譜的出峰時間短，有時候不到1s，因為毛細管氣相色譜的柱效高，峰形尖銳，區(qū)域寬度小，出峰時間有時很快，所以記錄儀的響應隨度要快。
