*產(chǎn)前檢測(cè)（NIPT）已經(jīng)是產(chǎn)前診斷中一個(gè)熱門的關(guān)鍵詞。它利用孕婦血液來篩查胎兒的染色體非整倍體，如21、18和13三體，避免了侵入性檢測(cè)的風(fēng)險(xiǎn)。如今，一些供應(yīng)商試圖擴(kuò)展他們的產(chǎn)品，以覆蓋染色體的微缺失和微擴(kuò)增。
不過，英國(guó)倫敦大學(xué)學(xué)院的研究人員近日在《美國(guó)人類遺傳學(xué)期刊》上報(bào)道稱，NIPT在檢測(cè)染色體亞微結(jié)構(gòu)異常上的臨床作用有限。他們開發(fā)出的檢測(cè)程序無法可靠地檢測(cè)微缺失和微擴(kuò)增。盡管增加測(cè)序深度能改善檢測(cè)，但同時(shí)也會(huì)增加假陽性率。
“為了做到切實(shí)有效，NIPT必須能夠以極低的假陽性率檢測(cè)整個(gè)基因組中的染色體重排，”文章作者寫道。“由于標(biāo)準(zhǔn)的NIPT只能檢測(cè)多數(shù)比較大的染色體重排，并且需要胎兒比值的了解，因此我們認(rèn)為，它還沒有做好常規(guī)臨床應(yīng)用的準(zhǔn)備。”
在這項(xiàng)研究中，倫敦大學(xué)學(xué)院的Lyn Chitty及其同事利用12重測(cè)序來檢測(cè)無細(xì)胞DNA中的染色體重排。所有樣本都包含已知的不平衡染色體重排。對(duì)于18個(gè)帶有> 6 Mb CNV的樣本，他們?cè)?5個(gè)樣本中檢測(cè)到至少一個(gè)異常，敏感性達(dá)到83%。不過，研究人員只能從5個(gè)樣本中檢測(cè)到< 6 Mb的CNV。對(duì)于另外10個(gè)帶有小CNV的樣本，只有兩個(gè)能被正確鑒定，敏感性僅為20%。
研究人員還利用這個(gè)程序，檢測(cè)了一組共534個(gè)已知沒有染色體異常的樣本。在過濾后，他們?cè)?個(gè)樣本中發(fā)現(xiàn)了假陽性檢出，特異性為99.6%。
他們發(fā)現(xiàn)，更深度的測(cè)序提高了檢測(cè)的敏感性，使得> 6 Mb的CNV檢測(cè)敏感性達(dá)到94%，而< 1.5 Mb CNV的敏感性也達(dá)到93%。不過，更深度測(cè)序也未能發(fā)現(xiàn)之前鑒定出的CNV。研究人員指出，這種差異可能是由于游離DNA中的胎兒比值。
Chitty及其同事估計(jì)了不同胎兒比值下，他們檢測(cè)不同大小的CNV的能力。盡管他們指出，這個(gè)計(jì)算結(jié)果僅適用于他們的實(shí)驗(yàn)室，但如果胎兒比值降低至5%以下，提高測(cè)序的深度并不能明顯提高檢測(cè)的敏感性。同時(shí)，提高測(cè)序深度的成本很高，也會(huì)增加假陽性率。
“考慮到使用NIPT來篩查非整倍體的好處是減少了侵入性檢測(cè)，增加了安全性，將NIPT延伸到染色體亞微結(jié)構(gòu)逆轉(zhuǎn)了這一好處，同時(shí)也不能全面檢測(cè)致病性的重排，”作者在文中寫道。
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