20世紀(jì)90年代初，PCR技術(shù)日趨成熟，也滲入到FMD的診斷中。這一技術(shù)特異性強(qiáng)，靈敏度高，可檢測多種組織樣品，檢測病毒RNA的PCR方法已經(jīng)成為FMDV檢測方法中的一種，PCR方法具有*的靈敏度（其理論值為一個病毒粒子的核酸），因為它僅需要極少量的反應(yīng)模板，而且可以設(shè)計多循環(huán)PCR反應(yīng)。由于僅將RNA的目的片段擴(kuò)增出來所以也具有很好的特異性。PCR檢測提供了適合于對應(yīng)序列的基因物質(zhì)，提供了較為詳細(xì)的流行病學(xué)信息，為疫源的追蹤提供了可靠的理論依據(jù)；
近年來隨著PCR技術(shù)的不斷成熟，該技術(shù)在檢測FMDV方面也有了較大的進(jìn)展。這種方法不但可以檢測活病毒核酸，也能直接檢測滅活的核酸片段。RT-PCR和DNA序列分析相結(jié)合進(jìn)行病毒核酸序列分析是性的分析毒株異同的方法，應(yīng)用PCR診斷FMDV，以特殊設(shè)計的引物作介導(dǎo)及在反轉(zhuǎn)錄酶的作用下再進(jìn)行PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物用PAGE、瓊脂糖電泳或*染色檢查，看擴(kuò)增出的DNA片段大小與設(shè)計是否相符。用此技術(shù)診斷FMD的報道始見于1991年，Meyer等根據(jù)編碼FMDV RNA的多聚酶基因序列（此段為FMDV 7個血清型的高度保守區(qū)）設(shè)計合成一對引物和探針，經(jīng)RT-PCR擴(kuò)增，獲得454bp擴(kuò)增產(chǎn)物，用寡核苷酸探針雜交顯示強(qiáng)陽性反應(yīng)，NcoI酶切證實了預(yù)計限制性位點(diǎn)。Laos等在變化的VPl基因序列中選擇引物，則可用于鑒別FMDV以色列株。選擇使用不同的引物，可以達(dá)到診斷和定型FMDV的目的。迄今已有美國、英國、西班牙等國家和地區(qū)報道了PCR在FMD診斷中的研究及應(yīng)用，國內(nèi)吳時友等就FMDV的PCR檢測研究作了報道。朱彩珠等也將此項技術(shù)應(yīng)用于FMD的診斷，可檢測出20倍TCID,。（細(xì)胞毒）或0．16—0．32倍LD和（組織毒）的病毒量。該法特異性好，檢測靈敏度高，可以檢測病毒也能直接檢測核酸片段，樣品可以是水皰液也可以直接用扁桃體、淋巴結(jié)、肌肉和蹄、皮膚等組織，這是免疫學(xué)方法無法替代的，此方法需要較高的實驗設(shè)備和熟練的分子生物學(xué)實驗操作技能，到目前為止，尚未在檢疫中推廣應(yīng)用，于專業(yè)實驗室應(yīng)用。
選擇一對適合于FMDV所有血清型及亞型的引物對是zui首要的問題，所設(shè)計的引物需能夠?qū)⑴cFMD臨床癥狀相似的小核糖核酸病毒區(qū)分開來。引物序列需在基因的高度保守區(qū)進(jìn)行選擇，例如：沒有結(jié)構(gòu)蛋白RNA聚合酶和5，端不翻譯區(qū)域。當(dāng)設(shè)計分型引物時，通用型引物需設(shè)計在VPl 3’末端的高度保守區(qū)，設(shè)計出的引物能夠成功的將7種血清型的此區(qū)域擴(kuò)增出來。VPl結(jié)構(gòu)蛋白主要反應(yīng)了FMDV不同血清型的變化，同時對于不同的FMD分離株，可以進(jìn)行VPl基因編碼區(qū)的序列分析，建立系統(tǒng)生發(fā)樹。雖然序列分析是一種非常的流行病學(xué)調(diào)查工具，但是在實施免疫策略的時代，并不是所有的毒株都可以得到相應(yīng)的序列并進(jìn)行序列分析。
然而，事實證明對牛進(jìn)行FMDV檢測時RT-PCR檢測效果不亞于病毒分離，因為組織內(nèi)積極的中和反應(yīng)很可能會影響感染病毒的復(fù)制。
巢式PCR作為一項更加靈敏、更特異的檢測方法已經(jīng)被研制成功。但巢式PCR在推廣上存在著弊端，原因有兩種情況：*種情況，巢式PCR方法很容易出現(xiàn)假陽性，因為PCR操作的實驗室環(huán)境可能被少量的特異性的核酸片段所污染；第二種情況，由于此技術(shù)需要昂貴的試劑和熟練的操作人員，因此它變成了一項復(fù)雜的、限制性很強(qiáng)的技術(shù)。
FMD的控制主要是依賴前期的診斷，快速、有效的檢測方法一直都是所有研究和檢測所必需的。生物感受器、實時RT-PCR也已經(jīng)開始被研究和應(yīng)用。
M．Scott等為了彌補(bǔ)常規(guī)診斷的不足，通過提高PCR方法檢測靈敏度和檢出率，對實時RT-PCR檢測方法作了進(jìn)一步的研究。實時RT-PCR檢測法較普通的RT-PCR方法快捷且減少了污染的可能性。同時ELISA、病毒分離能夠與實時RT-PCR檢測方法平行應(yīng)用于FMD的鑒別診斷，在FMDV的檢測中實時RT-PCR檢測方法起到了有效的輔助作用。
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