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BIM試劑盒為您分析蛋白組學(xué)常見問題

2018-1-24  閱讀(2056)

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問題1:如何來判定哪些蛋白是和自己研究相關(guān)的蛋白,挑選什么樣的蛋白來進(jìn)行后期的驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)?
答:需要研究人員根據(jù)自己研究的相關(guān)生物學(xué)背景,再結(jié)合生物信息學(xué)分析的結(jié)果,以及查看相關(guān)的文獻(xiàn)資料來確認(rèn)哪些蛋白可以用于后續(xù)深入的研究。
問題2:樣品寄送過程,哪些需要低溫?哪些需要干冰?哪些常溫就可以?
答:細(xì)胞、組織、蛋白溶液、菌體等樣品采用干冰運(yùn)輸,對于SDS-PAGE條帶和2D點(diǎn)以及酶解好的肽段樣品直接常溫運(yùn)輸即可??梢岳斫鉃樾枰崛〉鞍谆蛱崛『玫牡鞍讟悠罚ㄒ捉到猓┒夹枰蜏剡\(yùn)輸,而處于凝膠中的蛋白或者是酶解好的肽段可常溫運(yùn)輸。
問題3:哪些樣品需要去除高豐度蛋白?怎么去除?是否需要費(fèi)用? 
答: ①一般情況下,血清、血漿樣品中都會(huì)存在高豐度蛋白(白蛋白等免疫蛋白),如果客戶是此類樣品,需提前跟客戶溝通好,一定需要去除高豐度蛋白;目前有成熟的試劑盒可以去除血清中的高豐度蛋白。
②體液樣品,細(xì)胞培養(yǎng)液等樣品,出現(xiàn)高豐度蛋白的情況也比較高,這類樣品,如果出現(xiàn)高豐度蛋白,需要先通過質(zhì)譜鑒定是否是常見免疫蛋白,然后再采用高豐度蛋白去除試劑盒進(jìn)行去除。
③其他樣品存在高豐度的情況不常見,如在實(shí)驗(yàn)過程中發(fā)現(xiàn)高豐度蛋白,解決方案如上。其他樣品可能會(huì)出現(xiàn)鑒定出來的高豐度蛋白沒有合適的試劑盒可以去除,這時(shí)候需要跟客戶提前告知風(fēng)險(xiǎn)。
④去除高豐度蛋白的費(fèi)用詳見鹿明生物蛋白組報(bào)價(jià)(老客戶可以直接咨詢我們的銷售人員)。
問題4:蛋白質(zhì)組結(jié)果一般需要做哪些方面的生物信息學(xué)分析?
答:目前一般文獻(xiàn)中的分析主要為維恩圖分析、熱圖分析、火山圖分析、層次聚類分析、蛋白質(zhì)功能分析(GO分類為主)、蛋白質(zhì)所屬代謝通路富集分析(基于KEGG的pathway)、差異蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測等方面。其它一些比較特異的分析包括多組數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析、多pathway延伸分析、磷酸蛋白激酶預(yù)測分析、互作網(wǎng)絡(luò)及生物調(diào)控模型構(gòu)建分析。
問題5:小鼠腦脊液做lable free是否需要去除高豐度蛋白,有沒有案例或者介紹下蛋白組這塊哪些樣本需要去高豐度蛋白的;
答:需要根據(jù)樣本提取蛋白后SDS-PAGE結(jié)果評估。一般血清血漿都需要除去高豐度蛋白,試劑盒成熟。其余需要根據(jù)跑膠結(jié)果來判斷。
問題6:物種沒有測序,能否做蛋白質(zhì)組呢?
答:因?yàn)楫?dāng)前大量的物種已經(jīng)測序,預(yù)測了相應(yīng)的基因,未測序的物種可以通過近緣物種的基因序列作為數(shù)據(jù)庫進(jìn)行蛋白質(zhì)組的研究。因此,一般來說,未測序物種可以考慮近緣物種的基因組序列作為數(shù)據(jù)庫,可以做蛋白質(zhì)組。

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