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YAC克隆的分析實(shí)驗(yàn)

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基本方案
實(shí)驗(yàn)材料    酵母菌
試劑、試劑盒    AHCYPD甘油
儀器、耗材    培養(yǎng)箱冷凍管
實(shí)驗(yàn)步驟    
1.  用接種棒將含重組載體pYAC的AB1380菌株劃線接種在AHC平板上,倒扣平板于30℃培養(yǎng),直至長(zhǎng)出1~3 mm 大小的紅色菌落為止。

2.  短期保存:用Parafilm膜將平板周圍封起來(lái),于4℃可保存4~6周。

3.  *保存:接種一個(gè)單獨(dú)的YAC克隆的菌落于3.2ml YPD培養(yǎng)基中,在30℃搖床,然后加入1 ml 80%甘油,混勻,再分成0.2~1.0  ml 小份將甘油/菌懸液移至冷凍管中,-80℃保存。

制備YAC DNA進(jìn)行Southern印跡分析

實(shí)驗(yàn)材料    酵母菌
試劑、試劑盒    AHCSCESCEMTris·ClEDTATE乙酸甲R(shí)Nase A異丙醇NaCl
儀器、耗材    培養(yǎng)箱離心管轉(zhuǎn)子
實(shí)驗(yàn)步驟    
1.  接種一個(gè)紅色的含YAC克隆的酵母菌落于盛有20 ml AHC培養(yǎng)基的250 ml 三角燒瓶中,在旋轉(zhuǎn)搖床上30℃ 250 r/min 振蕩培養(yǎng)24 h。
 
2.  擴(kuò)大培養(yǎng):取1ml 由步驟1獲得的粉紅色菌懸液接種于盛有100 ml AHC培養(yǎng)基的 1 000 ml三角燒瓶中,于30℃ 250 r/min搖床培養(yǎng)24 h。

3.  將菌懸液移入2個(gè)50 ml 的錐形離心管中,于2 000 g 離心5 min,棄上清,共用5 ml SCE緩沖液重懸菌體,并合并到一個(gè)試管中。

4.  加1 ml SCEM緩沖液,在旋轉(zhuǎn)搖床中37℃ 100 r/min 輕搖晃混勻。

5.  于4℃ 2 000 g 離心棄上清,菌體用5 ml Tris/EDTA裂解液重懸。

6.  加0.5 ml 10%SDS顛倒混合數(shù)次,于65℃溫育20 min。
 
7.  加2 ml 冰浴的5 mol/l pH4.8的乙酸甲緩沖液,顛倒混合數(shù)次后置于冰浴60 min。

8.  于室溫2 000 g 離心10 min,小心將含核酸的上清轉(zhuǎn)移到一個(gè)新管中。加室溫2倍體積的95%乙醇,顛倒混勻。

9.  于室溫2 000 g 離心5 min,棄上清,在室溫晾干10~15 min,分別加入3 ml TE緩沖液,pH8.0于37℃溶解核酸。

10.  加入0.1 ml 的1 mg/ml 無(wú)DNA酶活性的RNase A,于37℃溫育1 h。
 
11.  加入6 ml 室溫的異丙醇,振蕩并顛倒混勻后用一支毛細(xì)管纏繞起染色體,然后溶于0.5 ml TE緩沖液中。

12.  加入50 μl 5 mol/l NaCl和2 ml 95%乙醇,顛倒混勻。

13.  再一次纏繞起染色體DNA,并溶于0.5 ml TE緩沖液中,于4℃保存?zhèn)溆谩?br> 
14.  取毎小份2 μg 的YAC DNA和15 μg 用以構(gòu)建YAC文庫(kù)的某物種或個(gè)體的基因組DNA。

15.  采用幾種高頻切割的限制性內(nèi)切酶進(jìn)行酶切,接著用單拷貝探針進(jìn)行雜交和核酸印跡分析。
 
16.   一旦通過(guò)核酸印跡實(shí)驗(yàn)確證YAC克隆,那么可通過(guò)制備染色體凝膠校塊塞和進(jìn)行脈沖電場(chǎng)凝膠電泳,來(lái)明確重組YAC的大小并對(duì)其穩(wěn)定性進(jìn)行初步評(píng)價(jià)。


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