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齊一生物:細菌硬盤*將數(shù)據儲存在活體細胞中

時間:2016-6-13閱讀:189
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哈佛大學的科學家們利用CRISPR基因編輯工具,已研發(fā)出一種能*將數(shù)據儲存在活體細胞中的技術。更令人難以置信的是,被刻在這些微生物中的信息能夠傳遞給微生物的下一代。

CRISPR/Cas9是一種神奇的工具。這種幾年前才出現(xiàn)的、廉價且容易使用的分子編輯系統(tǒng)有著多方面用途,包括基因工程、RNA編輯、疾病建模和對抗HIV等逆轉錄病毒?,F(xiàn)在,它還能夠將不起眼的微生物變成名副其實的硬盤。

其實科學家們之前就曾這樣做過,不過當時他們從頭到尾采用的均是*人工的方法。在先前的實驗中,科學家們將信息編碼到一段DNA序列中,進行DNA合成,所有的信息依舊被保留在活體生物的范圍之外。在新的研究中。遺傳學家Seth ShipmanJeff Nivala帶領著哈佛研究團隊,以一種*不同的方式進行DNA數(shù)據儲存。  齊一生物

Nivala表示:“我們直接將信息寫入了基因組,相比*合成的DNA數(shù)據儲存系統(tǒng)容量,我們目前能夠儲存的總體DNA數(shù)據較小,不過我們認為以基因組為基礎的信息儲存方式由許多潛在的優(yōu)勢。”在他看來,這些優(yōu)勢包括更高的保真度和直接與生物配合的能力。比如,科學家們可以教會一個細菌識別、提供信息乃至殺死它內部的其它微生物,或者提供一份基因表達記錄。  

Nivala說:“我們大約能儲存30-100字節(jié)的信息,相比先前大約11字節(jié)的容量而言,這一儲存容量已經很高。”

 

為了做到這一點,研究人員們以CRISPR的形式利用了細菌的內置免疫系統(tǒng),直接將數(shù)據寫入細菌細胞的基因組中。這使得被修飾的細菌能夠將這一定制信息傳遞給它的下一代,使得這種形式的生物數(shù)據儲存嫉妒有效且強大。  

ShipmanNivala借用了細菌的內置免疫系統(tǒng)來實現(xiàn)這一點。每當病毒攻擊細菌的時候,CRISPR就會勤奮地在DNA中記錄這一事件,后來該細菌再次受到病毒攻擊的時候,它就能查找到這一事件。而它做到這一點的方式則是直接儲存濾過性毒菌的DNA,這被稱作基因間隔區(qū)。研究人員們在實驗中想要知道這些間隔區(qū)是否會被添加到特定序列中,并生成時間線。  

他們發(fā)現(xiàn)這種間隔區(qū)的時間順序能夠形成分子記錄設備的基礎。在實驗中,較松的DNA片段被注射到具備CRISPR/cas9的大腸桿菌中。其中某些DNA片段并非隨意挑選,這些含有特定數(shù)據串的片段(A\T\C\G特定字母序列組合)是科學家們精心挑選的結果。這些片段被引入到細菌中之后,該細菌就會以一種連貫的線性方式有條不紊地將它們整合起來,以反映它們被引入的順序。  

科學家們僅增加了幾個間隔區(qū)來演示他們的理論,在其它間隔區(qū)可用的情況下,潛在的可能組合非常驚人。  

Nivala說:“這些實驗為研發(fā)能用來監(jiān)控長時間內分子事件的記錄系統(tǒng)奠定了基礎。比如,zui終它能夠幫助我們了解某個細胞從健康走向疾病狀態(tài)期間,其基因條件出現(xiàn)了何種問題等?;蛘咚部梢员挥脕碛涗浖毎獠凯h(huán)境信息,比如特定化學物質、毒素和病原體的存在。”  

該團隊將進一步提升這一系統(tǒng),以便讓數(shù)據完夠儲存在單個細胞中,而不是必須借助成堆的細胞對信息進行編碼和解碼。

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