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齊一生物:細(xì)胞外RNAs成為檢測(cè)食管癌的潛在生物標(biāo)志物

時(shí)間:2016-5-27閱讀:187
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2016年消化疾病周(DDW)于5月21日-24日在圣地亞哥召開(kāi)。根據(jù)提交在本次消化疾病周上的一項(xiàng)研究結(jié)果顯示,研究人員應(yīng)用唾液分析,來(lái)自患者問(wèn)卷調(diào)查的橫斷面數(shù)據(jù),以及人工智能分析工具可以研發(fā)一種工具用來(lái)預(yù)測(cè)食管癌風(fēng)險(xiǎn)。

  David G.Graham(以色列Jerusalem技術(shù)學(xué)院)和同事們旨在研發(fā)一種準(zhǔn)確的風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)工具用來(lái)評(píng)估食管癌風(fēng)險(xiǎn)。他們應(yīng)用唾液轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與有患者人口統(tǒng)計(jì)學(xué),癥狀和危險(xiǎn)因素相關(guān)的因素一起。“一種新型,非侵入性工具是需要的,”他說(shuō)。

他指出,體液中細(xì)胞外RNAs正在成為檢測(cè)食管癌的潛在生物標(biāo)志物。

這項(xiàng)研究包括80例患者,他們的RNA是從唾液中提取。這一組中有20例患者可作為健康對(duì)照,而20例患者患非異型增生Barrett食管,20例患者出現(xiàn)高度不典型增生,20例患者患有食管癌。

研究人員對(duì)唾液樣本和來(lái)自問(wèn)卷調(diào)查的204個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)進(jìn)行收集。根據(jù)Graham介紹,研究人員應(yīng)用24個(gè)已知來(lái)自炎癥或致癌途徑與進(jìn)展食管癌相關(guān)的擴(kuò)增子開(kāi)展轉(zhuǎn)錄組篩查。他們采用定量實(shí)時(shí)PCR與18s rRNA作為管家基因進(jìn)行c分析。一種通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)特征選擇人工智能技術(shù)的新型Infogain測(cè)量可用于分析轉(zhuǎn)錄組,人口統(tǒng)計(jì)學(xué),癥狀和風(fēng)險(xiǎn)因素?cái)?shù)據(jù)以建立預(yù)測(cè)工具。

“我們的想法是收集大量的數(shù)據(jù),”Graham說(shuō)。

在唾液RNA分析中發(fā)現(xiàn),24個(gè)化生-不典型增生-癌序列的擴(kuò)增子中有10個(gè)異常表達(dá)。這些包括:TP53,CDKN2a,SMAD7,EGFR,AMY2,TLR6,KIT9,KRAS,PTEN和PIK3CA(P<0.05)。

“一旦我們有了這種表達(dá)數(shù)據(jù),我們可以在群組之間進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢查,”他說(shuō)。“我們可以看到越來(lái)越多的CDKN2a表達(dá)。”齊一生物

研究人員觀察了11個(gè)關(guān)鍵屬性,這些在研發(fā)預(yù)測(cè)工具上會(huì)有所幫助。包括6個(gè)上面涉及的擴(kuò)增子和5個(gè)來(lái)自問(wèn)卷調(diào)查數(shù)據(jù)的特征,有腰/臀比,質(zhì)子泵抑制劑應(yīng)用和之前癌癥。

“我們已經(jīng)證明問(wèn)卷調(diào)查數(shù)據(jù)能提供一些識(shí)別潛在風(fēng)險(xiǎn)的能力,”Graham說(shuō)。“唾液能為預(yù)防和早期癌癥檢出提供潛在的關(guān)鍵生物標(biāo)志物。”

這項(xiàng)研究的另一個(gè)關(guān)鍵因素是應(yīng)用人工智能分析的準(zhǔn)確預(yù)測(cè),Graham補(bǔ)充說(shuō)。“這些是非常早期數(shù)據(jù),但我們認(rèn)為它們非常令人幸福,”他說(shuō)。

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