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化學合成的“鏡像”活性DNA聚合酶

時間:2016-5-26閱讀:540
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對化學人來說,“手性”是個熟的不能再熟的概念,兩個組成*相同的分子以不重合的形式互為鏡像,就像一雙手套的左手和右手那樣。生命中也存在“手性”,例如,天然狀態(tài)下,蛋白質幾乎都是由左旋氨基酸構成,而糖類大多是右旋的(包括RNA中的核糖和DNA中的脫氧核糖);另一個有趣的例子是的DNA雙螺旋結構,永遠都是右手螺旋。生命為什么會青睞這種“手性”?是進化過程中的偶然,還是別有不為人知的科學機理?這些問題到目前為止,還都是未解之謎。

 

天然的D-DNA和聚合酶(下)及其鏡像(上)。圖片來源:NPG

清華大學朱聽(Ting Zhu)研究員和劉磊(Lei Liu)教授領導的研究團隊,zui近朝著解決這些謎團般的問題邁出了里程碑式的一步。他們在《Nature Chemistry》發(fā)表論文,使用由右旋氨基酸化學合成的“鏡像”DNA聚合酶實現(xiàn)了分子生物學“中心法則”中兩個關鍵的步驟——DNA的復制與DNA轉錄成RNA。本文共同*作者為王子謀(Zimou Wang)和徐維亮(Weiliang Xu)。(A synthetic molecular system capable of mirror-image genetic replication and transcription. Nature Chem., DOI: 10.1038/nchem.2517

這項研究的關鍵是合成*由右旋氨基酸組成且具有生物活性的鏡像DNA聚合酶,而常見的DNA聚合酶一般含有600個以上氨基酸殘基,這對目前的合成生物學方法來說實在是大的不能承受。因此該清華團隊以目前已知zui小的DNA聚合酶——包括174個氨基酸殘基的非洲豬瘟病毒聚合酶XAfrican swine fever virus polymerase X,ASFV pol X)為目標,成功使用右旋氨基酸合成了其鏡像DNA聚合酶(D-polymerase)。在后續(xù)的測試中,該清華團隊使用了與天然DNA復制系統(tǒng)(D-DNA模板、D-DNA引物、D-脫氧核苷酸)*鏡像的分子系統(tǒng),即,L-DNA模板、L-DNA引物、L-脫氧核苷酸,在鏡像DNA聚合酶的作用下成功復制了L-DNA。實驗結果證明,4小時內,鏡像DNA聚合酶可以將12個核苷酸長度的引物延長至18個核苷酸;36個小時內,延長至56個核苷酸(如下圖)。而且,與天然DNA聚合酶的功能類似,鏡像DNA聚合酶也能利用L-DNA為模板,合成L-RNA,這意味著DNA轉錄成RNA在“鏡像世界”中也能進行。

 

更有趣的是,當天然的DNA復制系統(tǒng)與其鏡像版本混合在一起時,兩個版本的DNA復制過程都能相互獨立地工作,互不干擾(如下圖)。這說明,無論是天然系統(tǒng)還是鏡像系統(tǒng),酶的手性特異性都相當出色。

 

研究這些鏡像分子不光在探究生命起源和進化中有重要意義,在醫(yī)學中也有非?,F(xiàn)實的應用前景。鏡像分子在自然界不存在,自然界中的病毒或酶還沒有進化出識別并攻擊它們的手段,這就意味著它們或可即保留類似其天然分子的活性,又躲避自然界中病毒或酶的攻擊。目前,就有一家名為Noxxon Pharma的德國生物技術公司,他們合成了一些小分子鏡像適配體(aptamer,能結合蛋白質的DNARNA),可以與一些疾病靶標蛋白結合并抑制其活性,從而實現(xiàn)治療效果。Noxxon的幾個鏡像適配體已經(jīng)在進行臨床試驗,所治療的疾病包括癌癥。但是,合成鏡像分子效率不高,如果有鏡像DNA聚合酶能夠像目前的PCR技術那樣方便的擴增鏡像DNA分子,這將大大降低開發(fā)及合成鏡像適配體的難度。

該清華團隊的下一步工作是合成更的鏡像DNA聚合酶,例如包括352個氨基酸殘基的Dpo4。

哈佛大學的分子生物學家Jack Szostak博士以及George Church博士都對本項成果給出了高度評價,盡管對于zui終構建“鏡像生命”來說只是一小步,Church認為本項成果是“里程碑”式的一步,讓這個研究領域從“籍籍無名”變得“充滿活力”

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