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遺傳學(xué)家會(huì)議討論人類基因組突變率難以確定的原因

時(shí)間:2015-3-24閱讀:139
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數(shù)學(xué)家不斷嘗試對(duì)π進(jìn)行更的計(jì)算,物理學(xué)家不斷探求對(duì)引力常量(G)進(jìn)行更嚴(yán)格的分析。遺傳學(xué)家則要在兩種測(cè)定人類基因突變率的方法(第二種方法計(jì)算出的速率只有*種的一半)之間進(jìn)行抉擇。

突變率對(duì)于利用“DNA分子鐘"繪制系統(tǒng)樹(shù)研究生物進(jìn)化史具有十分重要的意義。因此,2月25日至27日德國(guó)萊比錫召開(kāi)的人類DNA突變率大會(huì)(Human Mutation Rate Meeting)對(duì)近年來(lái)突變率測(cè)算面臨的主要問(wèn)題(新測(cè)算出的人類DNA序列突變速率遠(yuǎn)低于前期結(jié)果)及原因展開(kāi)了討論。該會(huì)議不僅吸引了大批進(jìn)化遺傳學(xué)家的參與,也在腫瘤和發(fā)育生物學(xué)的研究者中得到了廣泛的關(guān)注——突變?cè)谒麄兊念I(lǐng)域研究中也扮演著極其重要的角色。

紐約哥倫比亞大學(xué)(Colum?bia University)的人口遺傳學(xué)家Molly Przeworski在會(huì)上表示,所有遺傳疾病和生物適應(yīng)行為的產(chǎn)生都源于突變,因此研究物種進(jìn)化基因的突變速率十分重要。

研究者在發(fā)現(xiàn)DNA是遺傳信息的載體之前就試圖量化突變率。早在1930年,遺傳學(xué)J.B.S Haldane在觀測(cè)突變?nèi)绾卧斐裳巡〖蚁颠z傳時(shí)就對(duì)突變率進(jìn)行了估算。

之后,科學(xué)家們通過(guò)比對(duì)人類和黑猩猩等其它猿類與其化石中zui近的共同祖先的DNA鏈和蛋白質(zhì)氨基酸序列差異,并以差異數(shù)和化石距今時(shí)間的比值代表突變率。雖然這一方法由于部分化石記錄的缺失而存在盲點(diǎn),但研究者們zui終達(dá)成了一致:每一個(gè)“DNA字母"平均10億年突變一次。然而德國(guó)馬普人類進(jìn)化研究所(Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology)的分子人類學(xué)家Linda Vigilant 對(duì)該結(jié)果表示質(zhì)疑。

過(guò)去的6年中,引入二代DNA測(cè)序技術(shù)對(duì)突變率進(jìn)行測(cè)算產(chǎn)生了截然不同的結(jié)果,許多研究比較了親代和子代的全基因組序列所計(jì)算出的突變率是“zui近的共同祖先"法的一半。

雖然這樣一個(gè)相對(duì)較慢的“分子鐘"使遺傳學(xué)和考古學(xué)對(duì)如直立人離開(kāi)非洲向世界其他地方遷移等人類進(jìn)化*關(guān)鍵事件的發(fā)生時(shí)間達(dá)成了一致,但是使用它對(duì)更早期進(jìn)化事件的發(fā)生時(shí)間進(jìn)行估算,得到的卻是毫無(wú)意義的結(jié)果,例如照此突變率推算,大多數(shù)猿類和猴類的祖先可能出現(xiàn)于侏羅紀(jì)時(shí)期。因此許多研究者不愿意*放棄舊的突變頻率,并在論文中提出相對(duì)中庸的觀點(diǎn),對(duì)一個(gè)進(jìn)化事件分別假設(shè)突變速率快、慢或中等從而估測(cè)出不同的發(fā)生時(shí)間。

去年,哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院(Harvard Medical School)的群體遺傳學(xué)家 David Reich等人比較了45000年前西伯利亞人和現(xiàn)代人基因組之間的差異,并得出了一個(gè)較低的突變率。然而在會(huì)議之前(由Reich與馬普所的人類進(jìn)化學(xué)系的Kay Prüfer共同承辦),Reich等人發(fā)表了預(yù)印本文章,文中以現(xiàn)代人同源染色體等位基因上序列差異來(lái)代表突變率(相當(dāng)于比較源于同一祖先的兩個(gè)獨(dú)立個(gè)體的DNA差異),計(jì)算得出了一個(gè)中等的突變率。Reich對(duì)上述結(jié)果的矛盾之處有些沮喪,他解釋道:“事實(shí)上‘分子鐘’的不定性對(duì)我們來(lái)說(shuō)十分棘手,這意味著我們據(jù)此推算進(jìn)化事件發(fā)生的時(shí)間都不準(zhǔn)確。"

Reich 希望此次會(huì)議即使不能對(duì)突變率達(dá)成共識(shí),也要促使人們關(guān)注并推進(jìn)有意義的研究。他和Prüfer在會(huì)議中倡議與會(huì)者給他們zui認(rèn)同的突變率投票,結(jié)果發(fā)現(xiàn)較低的突變率獲得了較多的支持,但也有許多學(xué)者提出其他不同的意見(jiàn)。

隨后,Reich等人通過(guò)比對(duì)突變率增大、減小的對(duì)應(yīng)時(shí)期,推測(cè)人類基因的突變率在過(guò)去百萬(wàn)年中不斷波動(dòng)或與代謝及生殖生物學(xué)上的進(jìn)化改變有關(guān)。英國(guó)劍橋大學(xué)(University of Cambridge)的群體遺傳學(xué)家Aylwyn Scally 表示,生活在2000萬(wàn)年到1200萬(wàn)年前的類人猿祖先相較于其他近親具有更長(zhǎng)的世代周期,因而突變率更小——更長(zhǎng)的世代周期會(huì)造成平均每年的突變率減少。

醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)家也對(duì)突變率的測(cè)算也十分關(guān)注,英國(guó)維康基金會(huì)桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute)所長(zhǎng),致力于研究癌發(fā)生相關(guān)DNA突變因素的腫瘤遺傳學(xué)家 Michael Stratton指出,雖然外界環(huán)境因子,如香煙等可誘發(fā)DNA突變,但還有一些突變是由細(xì)胞正常的生化反應(yīng)中伴隨的一些未知過(guò)程引起的,對(duì)于這些機(jī)制的研究或可解釋突變率為什么會(huì)產(chǎn)生波動(dòng)。

生殖生物學(xué)家對(duì)人類基因突變率予以關(guān)注,部分是因?yàn)榘l(fā)現(xiàn)某些疾病在大齡男性子嗣中相較于年輕男性子嗣更常見(jiàn)。男性幾乎終生都在產(chǎn)生精子,而女性在出生時(shí)就確定了卵子數(shù)量。精原細(xì)胞的持續(xù)分裂意味著男性相對(duì)于女性將突變傳遞給后代的幾率更大(高于女性4倍)。2012年的一項(xiàng)研究表明,大齡父親相較于年輕的父親會(huì)傳遞給子代更多的突變。這意味著生物進(jìn)化的過(guò)程中精子產(chǎn)生伴隨的基因突變或父本年齡的不同可對(duì)突變速率產(chǎn)生影響。

盡管如此,人類DNA突變速率的測(cè)算結(jié)果仍然不確定且不穩(wěn)定,Reich在會(huì)議中建議至少在更好的數(shù)據(jù)出現(xiàn)之前,研究時(shí)使用較小的突變率。他提醒,不要把它認(rèn)為是一個(gè)常量,這不是物理研究中的光速。

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