昆明動物所等家養(yǎng)動物線粒體DNA基因組學(xué)研究取得進(jìn)展

近年來，家養(yǎng)動物線粒體DNA（mtDNA）基因組學(xué)得到了迅速發(fā)展，積累了大量的mtDNA序列數(shù)據(jù)。與此同時，一些問題隨之浮現(xiàn)出來。除了數(shù)據(jù)質(zhì)量存在缺陷（Shi, et al. 2014. Mol Ecol）之外，mtDNA世系劃分標(biāo)準(zhǔn)不一，世系命名混亂的問題也已開始干擾家養(yǎng)動物mtDNA的研究工作。

為了系統(tǒng)解決這些問題，中國科學(xué)院昆明動物研究所研究員、中科院院士張亞平學(xué)科組與生命條形碼南方中心王文智開展了合作。借鑒人類mtDNA研究的經(jīng)驗(yàn)，彭旻晟、樊隆、史妮妮等研究人員運(yùn)用構(gòu)建mtDNA單倍型類群樹（haplogroup tree）的方法重建了8種家養(yǎng)動物（家犬、家牛、牦牛、家豬、馬、山羊、綿羊和家雞）的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系（phylogeny），此結(jié)果作為在線資源DomeTree發(fā)布，這將為今后的家養(yǎng)動物mtDNA研究提供統(tǒng)一的參考標(biāo)準(zhǔn)。同時，研究人員還開發(fā)了相應(yīng)的數(shù)據(jù)分析軟件MitoToolPy可提供突變信息輸出、單倍型類群劃分、序列質(zhì)量問題判斷等功能。DomeTree和MitoToolPy將通過定期在線更新升級以整合之后發(fā)表的mtDNA基因組數(shù)據(jù)，并有望囊括更多的家養(yǎng)動物種類。

相關(guān)研究結(jié)果在線發(fā)表于刊物《分子生態(tài)學(xué)資源》（Molecular Ecology Resources）。