臭氧水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器過程中也可能產生一些有害副產物，直接影響水的化學安全性。有機副產物以醛類為代表(甲醛zui常見)，癌癥研究機構(IRAC)將其列為可能致癌物，世界衛(wèi)生組織(WHO )和日本的飲用水水質標準分別規(guī)定甲醛上限濃度為900 μg/L和80 μg/L。無機副產物以溴酸鹽為代表，IRAC也列其為可能致癌物，1993年WHO規(guī)定溴酸鹽的zui大污染物濃度為25 μg /L，美國*將其zui大污染物濃度限制為10 μg/L。采用臭氧水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器工藝的水廠出水中溴酸鹽濃度普遍較高，法國被調查的4個自來水公司的水廠中，20%的水廠出水溴酸鹽濃度達到或超過10 μg/L；美國被調查的11個水廠的溴酸鹽濃度在5～60 μg/L之間。國外的研究表明，在臭氧投加量1.5 mgO₃/L、進水TOC為3.0 mg/L左右的條件下，甲醛和乙醛平均生成量分別為40 μg/L和15 μg/L左右。

大量研究表明，臭氧化會改善水的可生化性，增加水中有機營養(yǎng)基質的含量，具體表現為水的生物可同化有機碳(AOC)和可生物降解的溶解性有機碳(BDOC)濃度升高，影響程度也與原水水質、臭氧化條件有關。雖然殘余消毒劑可在一定程度上限制管網中的細菌生長，但在有機營養(yǎng)基質濃度較高時，細菌仍會再度繁殖，并附著生長在管壁上形成生物膜，增加水中細菌總數，況且有些細菌危害性更大，從一定程度上影響自來水的微生物安全性。

目前常規(guī)處理工藝去除有害臭氧化副產物的研究很少，更無現成經驗可借鑒，這又提出了新的臭氧水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器應用問題。

臭氧水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器技術可用于脫色除臭、控制氯化消毒副產物、去除藻類和藻毒素、助凝和助濾、初步去除或轉化污染物等，但臭氧化學不穩(wěn)定性使其對水質的改善程度取決于原水水質和臭氧化條件，同時臭氧水箱自潔消毒器、水箱消毒器、水箱自潔器過程中會產生一定的醛類、溴酸鹽等有害副產物，并使出水AOC含量升高，需相應的后續(xù)處理環(huán)節(jié)加以配合。今后宜結合具體水質問題和經濟條件統(tǒng)籌決定是否采用預技術，臭氧投加量可根據具體水質凈化目標在0.5 mgO₃/mgTOC的基礎上適當調整，臭氧與過氧化氫聯用等氧化技術以及臭氧化與后續(xù)處理環(huán)節(jié)的優(yōu)化值得進一步研究。